FC Midtjylland ditubuhkan oleh Johnny Rune, seorang tukang kayu dan pemilik perniagaan swasta dalam industri pembekalan kayu, dan Steen Hessel, seorang peniaga Mercedes-Benz yang sah.[1]

Kedua-dua lelaki itu mahu menyatukan kelab bola sepak Ikast FS (ditubuhkan 1935) dan Herning Fremad (ditubuhkan 1918) – kelab yang selama beberapa dekad menjadi pesaing kuat, tetapi tidak pernah memainkan peranan penting dalam bola sepak Denmark. Ikast FS mempunyai beberapa kejayaan pada akhir 1970-an dan 80-an dan membuat tiga penampilan di perlawanan akhir Piala Denmark, tetapi tidak pernah menjadi pasukan teratas dalam liga Denmark. Sekurang-kurangnya sepuluh tahun telah berlalu dengan kedua-dua kelab tidak dapat menyetujui penggabungan, tetapi pada 6 April 1999, kesepakatan telah dimuktamadkan dan diumumkan pada sidang media pada keesokan harinya.[2][3]

Pada tahun 2000, Midtjylland dinaikkan pangkat ke Liga Super Denmark setelah satu musim di mana pasukan itu mengumpulkan lebih banyak mata daripada pasukan lain dalam sejarah divisyen pertama.

Pada bulan Julai 2014, Matthew Benham (pemilik Kejohanan Inggeris Brentford) menjadi pemegang saham majoriti syarikat induk Midtjylland FCM Holding.[4] Pada musim 2014–15, mereka memenangi Kejohanan Bola Sepak Denmark untuk pertama kalinya. Kemudian, mereka memenangi dua gelaran liga pada 2017–18 dan 2019–20, kemudian melayakkan diri ke peringkat kumpulan Liga Juara-Juara UEFA 2020–21 untuk pertama kalinya dalam sejarah mereka.[5]